beberapa kali mengalami pasang surut. Pada tahun 1963, terjadi konfrontasi antara
Indonesia dan Malaysia. Perang ini berawal dari keinginan Malaysia untuk menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak dengan Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1961. Hubungan antara Indonesia dan Malaysia juga sempat memburuk pada tahun 2002 ketika kepulauan Sipadan dan Ligitan di klaim oleh Malaysia sebagai wilayah mereka, dan berdasarkan keputusan Mahkamah Internasional (MI) di Den Haag, Belanda bahwa Sipadan dan Ligitan merupakan wilayah Malaysia. Sipadan dan Ligitan merupakan pulau kecil di perairan dekat kawasan pantai negara bagian Sabah dan Provinsi Kalimantan Timur, yang diklaim dua negara sehingga menimbulkan persengkataan yang berlangsung selama lebih dari tiga dekade. Sipadan dan Ligitan menjadi ganjalan kecil dalam hubungan sejak tahun 1969 ketika kedua negara mengajukan klaim atas kedua pulau itu. Kedua negara tahun 1997 sepakat untuk menyelesaikan sengketa wilayah itu di MI setelah gagal melakukan negosiasi bilateral. Kedua belah pihak menandatangani kesepakatan pada Mei 1997 untuk menyerahkan persengkataan itu kepada MI. MI diserahkan tanggung jawab untuk menyelesaikan sengketa dengan jiwa kemitraan. Kedua belah pihak juga sepakat untuk menerima keputusan pengadilan sebagai penyelesaian akhir sengketa tersebut. Selain itu, pada 2005 terjadi sengketa mengenai batas wilayah dan kepemilikan Ambalat.Selain itu pula. Pada Oktober 2007 terjadi
konflik akan lagu Rasa Sayang-Sayange dikarenakan lagu ini digunakan oleh departemen Pariwisata Malaysia untuk mempromosikan kepariwisataan Malaysia, yang dirilis sekitar Oktober 2007.
Sementara Menteri Pariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor mengatakan bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu Kepulauan Nusantara (Malay archipelago), Gubernur Maluku Karel Albert Ralahalu bersikeras lagu "Rasa Sayange" adalah milik Indonesia, karena merupakan lagu rakyat yang telah membudaya di provinsi ini sejak leluhur, sehingga klaim Malaysia itu hanya mengada-ada. Gubernur berusaha untuk mengumpulkan bukti otentik bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu rakyat Maluku, dan setelah bukti tersebut terkumpul, akan diberikan kepada Menteri Kebudayaan dan Pariwisata. Menteri Pariwisata Malaysia Adnan Tengku Mansor menyatakan bahwa rakyat Indonesia tidak bisa membuktikan bahwa lagu Rasa Sayange merupakan lagu rakyat Indonesi
Bidang pendididkan
Dalam bidang pendidikan, antara Indonesia dan Malaysia menjalin hubungan dengan mengadakan pertukaran pelajar setiap tahunnya.
Bidang Ekonomi
Banyaknya investor-investor dari Malaysia yang ber investasi di Indonesia telah sedikit banyak membantu pemerintah Indonesia di dalam mengentaskan pengangguran. Investor dari Malaysia banyak menanamkan investasinya dalam industri perkebunan kelapa sawit. Hal ini tentu menguntungkan bagi kedua belah pihak. Selain itu, di Malaysia juga banyak di tempatkannya Tenaga Kerja dari Indonesia yang bekerja sebagai Pembantu Rumah Tangga (PRT), petugas medis, pekerja bangunan serta tenaga profesional lainn
a. Hubungan Internasional, adalah cabang dari ilmu politik, merupakan suatu studi tentang persoalan-persoalan luar negeri dan isu-isu global di antara negara-negara dalam sistem internasional, termasuk peran negara-negara, organisasi-organisasi antarpemerintah, organisasi-organisasi nonpemerintah atau lembaga swadaya masyarakat, dan perusahaan-perusahaan multinasional. Hubungan Internasional adalah suatu bidang akademis dan kebijakan publik dan dapat bersifat positif atau normatif karena Hubungan Internasional berusaha menganalisis serta merumuskan kebijakan luar negeri negara-negara tertentu. Sejarah hubungan internasional sering dianggap berawal dari [Perdamaian Westphalia] pada [1648], ketika sistem negara modern dikembangkan. Sebelumnya, organisasi-organisasi otoritas politik abad pertengahan [Eropa] didasarkan pada tatanan hirarkis yang tidak jelas. Westphalia membentuk konsep legal tentang kedaulatan, yang pada dasarnya berarti bahwa para penguasa, atau kedaulatan-kedaulatan yang sah tidak akan mengakui pihak-pihak lain yang memiliki kedudukan yang sama secara internal dalam batas-batas kedaulatan wilayah yang sama. Otoritas Yunani dan Roma kuno kadang-kadang mirip dengan sistem Westphalia, tetapi keduanya tidak memiliki gagasan kedaulatan yang memadai.
Sejarah hubungan internasional
[Westphalia] mendukung bangkitnya negara-bangsa (nation-state), institusionalisasi terhadap diplomasi dan tentara. Sistem yang berasal dari Eropa ini diekspor ke Amerika, Afrika, dan Asia, lewat kolonialisme, dan “standar-standar peradaban”. Sistem internasional kontemporer akhirnya dibentuk lewat dekolonisasi selama [Perang Dingin]. Namun, sistem ini agak terlalu disederhanakan. Sementara sistem negara-bangsa dianggap “modern”, banyak negara tidak masuk ke dalam sistem tersebut dan disebut sebagai “pra-modern”. Lebih lanjut, beberapa telah melampaui sistem negara-bangsa dan dapat dianggap “pasca-modern”. Kemampuan wacana HI untuk menjelaskan hubungan-hubungan di antara jenis-jenis negara yang berbeda ini diperselisihkan. “Level-level analisis” adalah cara untuk mengamati sistem internasional, yang mencakup level individual, negara-bangsa domestik sebagai suatu unik, level internasional yang terdiri atas persoalan-persoalan transnasional dan internasional level global.
